Moleküloberflächen

Darstellung von Molekülen mit Hilfe von JSmol

JSmol ist in der Lage die Oberflächen von Molekülen darzustellen. Einige Oberflächen, wie die van der Waals - Oberfläche oder die Moleküloberfläche kann von JSmol selbständig aus den Daten jeder beliebigen Datei berechnet werden.

Generell können alle Oberflächen auch über das Menü ausgewählt werden, nachfolgend werden die Skriptkommandos beschrieben, die dann im Schaltflächen integriert werden können

Van-der-Waals-Oberfläche

Die van-der-Waals-Oberfläche umschließt das Volumen, das die Atome mit ihren jeweiligen Radien ausfüllen.

Der Befehl für die van-der-Waals-Oberfläche lautet folgendermaßen:

"isosurface resolution 0 solvent 0.0;"

Mit "isosurface" wird die Oberfläche generiert und mit "resolution" wird der Detailgrad angegeben. Je höher der Wert ist, desto langsamer wird die Darstellung. Mit "solvent" wird der Radius der Lösemittelmoleküle angegeben, in der sich das dargestellte Molekül befindet.

Moleküloberfläche

Mit

"isosurface resolution 0 MOLECULAR 1.4;"

wird die Moleküloberfläche dargestellt. Die Darstellung unterscheidet sich nur wenig von der van-der-Waals-Darstellung.

Lösemittelzugängliche Oberfläche

Der Befehl

"isosurface resolution 0 saSURFACE 1.4;"

erstellt die dem Lösemittel zugängliche Oberfläche

Die  Oberflächen werden auf Grundlage der ausgewählten Atome erstellt. Sind keine ausgewählt, so wird die Oberfläche des gesamten Moleküls abgebildet.

Färben

Die Farbe, die JSmol den Oberflächen standardmäßig zuweist, kann ebenfalls variiert werden.

Der Befehl dazu lautet:

"color isosurface Farbe;"

wobei die Farbe entweder wieder als "red", "green", "blue" oder als Hexadezimale in der Form [xABCDEF] anegeben werden kann.

Ebenso kann die Moleküloberfläche transparent angezeigt werden:

"color isosurface translucent;"

Lichtundurchlässig kann die Moleküloberfläche mit

"color isosurface opaque;"

dargestellt werden.

Auf der Beispielseite können die drei Oberflächen verglichen und die Färbungen ausprobiert  werden

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E-Mail: Walter.Wagner ät uni-bayreuth.de, Stand: 20.06.14