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8 Datenbanken:
Lösungshinweise für die Übungen
Übung 1: menschliches
Insulin.
Zu:
5. Stark konserviert, z.B. GLY 8B und CYS 7B.
9. Alpha-helical A 16 AS; B 7 + 7
10. 3i40_A mol: protein length:
21 Insulin A chain GIVEQCCTSICSLYQLENYCN;
3i40_B mol: protein length:
30 Insulin B chain FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKA;
Proinsulin
.....................10........................ 20.....................
30........................ 40...................... 50
MALWMRLLPL LALLALWGPD PAAAFVNQHL CGSHLVEALY LVCGERGFFY
......................60........................70......................
80........................ 90................. 100
TPKTRREAED LQVGQVELGG GPGAGSLQPL ALEGSLQKRG IVEQCCTSIC
......................110
SLYQLENYCN
12. Disulfid-Brücken: CYS 20A und
19B; CYS 11 A und 6A; CYS 7A und 7B
14. Vergleich der Isoformen
Übung 2: Kopplung von Gen- und Proteindatenbank
am Beispiel menschliche Amylase
Zu:
2. AMY 1A, B, C (Speicheldrüse);
AMY 2A, B (Pankreas).
5. Lage: auf Chromosom 1: 1p21.
6. Gen-Cluster: Amylase alpha-1
Speichel-Cluster.
Halten Sie die EC-Nr. fest: 3.2.1.1.
8. Aminosäuresequenz: ganz unten
AS-Sequenz in 1-Buchstaben-Code:
1 xyssntqqgr tsivhlfewr wvdialecer ylapkgfggv qvsppnenva
ihnpfrpwwe
61 ryqpvsyklc trsgnedefr nmvtrcnnvg vriyvdavin hmcgnavsag tsstcgsyfn
121 pgsrdfpavp ysgwdfndgk cktgsgdien yndatqvrdc rlsglldlal gkdyvrskia
181 eymnhlidig vagfridask hmwpgdikai ldklhnlnsn wfpegskpfi yqevidlgge
241 pikssdyfgn grvtefkyga klgtvirkwn gekmsylknw gegwgfmpsd ralvfvdnhd
301 nqrghgagga siltfwdarl ykmavgfmla hpygftrvms syrwpryfen gkdvndwvgp
361 pndngvtkev tinpdttcgn dwvcehrwrq irnmvnfrnv vdgqpftnwy dngsnqvafg
421 rgnrgfivfn nddwtfsltl qtglpagtyc dvisgdking nctgikiyvs ddgkahfsis
481 nsaedpfiai haeskl.
9. Wechseln Sie zurück zur Startseite und starten Sie links über Genes &
Expression und Gene die Gendatenbank Gene! Geben Sie den Gencode
AMY1A[sym] AND „Homo sapiens“ ein. Stellen Sie fest, mit wie vielen Links Sie
von dieser Seite aus die Länge des Gens (kein Klick: Fenster mit mouse over auf
AMY1A unter genomic regions – genes: 13354 bp) und die Sequenz (1 Link, über das
Tool-Symbol Hammer & Meißel und dann Sequence text view ) feststellen können.
Übung 3: Unterrichtsvorschläge zur Bioinformatik
im Internet
Zu:
2. z.B.
http://de.wikipedia.org/wiki/Nukleotide D = Nicht-C
4. FASTA-Sequenz:
MTPMRKTNPLMKLINHSFIDLPTPSNISAWWNFGSLLGACLILQITTGLFLAMHYSPDASTAFS
SIAHITRDVNYGWIIRYLHANGASMFFICLFLHIGRGLYYGSFLYSETWNIGIILLLATMATAFMG
YVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTDLVQWIWGGYSVDSPTLTRFFTFHFILPFIIAALATL
HLLFLHETGSNNPLGITSHSDKITFHPYYTIKDALGLLLFLLSLMTLTLFSPDLLGDPDNYTLAN
PLNTPPHIKPEWYFLFAYTILRSVPNKLGGVLALLLSILILAMIPILHMSKQQSMMFRPLSQSLY
WLLAADLLILTWIGGQPVSYPFTIIGQVASVLYFTTILILMPTISLIENKMLKWA
5.
ATGACCCCAATACGCAAAACTAACCCCCTAATAAAATTAATTAACCACTCATTCATCGACC
TCCCCACCCCATCCAACATCTCCGCATGATGAAACTTCGGCTCACTCCTTGGCGCCTGCC
TGATCCTCCAAATCACCACAGGACTATTCCTAGCCATGCACTACTCACCAGACGCCTCAAC
CGCCTTTTCATCAATCGCCCACATCACTCGAGACGTAAATTATGGCTGAATCATCCGCTACC
TTCACGCCAATGGCGCCTCAATATTCTTTATCTGCCTCTTCCTACACATCGGGCGAGGCC
TATATTACGGATCATTTCTCTACTCAGAAACCTGAAACATCGGCATTATCCTCCTGCTTGCAAC
TATAGCAACAGCCTTCATAGGCTATGTCCTCCCGTGAGGCCAAATATCATTCTGAGGGGCCAC
AGTAATTACAAACTTACTATCCGCCATCCCATACATTGGGACAGACCTAGTTCAATGAATCTGA
GGAGGCTACTCAGTAGACAGTCCCACCCTCACACGATTCTTTACCTTTCACTTCATCTTGCCC
TTCATTATTGCAGCCCTAGCAACACTCCACCTCCTATTCTTGCACGAAACGGGATCAAACAAC
CCCCTAGGAATCACCTCCCATTCCGATAAAATCACCTTCCACCCTTACTACACAATCAAAGAC
GCCCTCGGCTTACTTCTCTTCCTTCTCTCCTTAATGACATTAACACTATTCTCACCAGACCTCC
TAGGCGACCCAGACAATTATACCCTAGCCAACCCCTTAAACACCCCTCCCCACATCAAGCCC
GAATGATATTTCCTATTCGCCTACACAATTCTCCGATCCGTCCCTAACAAACTAGGAGGCGTCC
TTGCCCTATTACTATCCATCCTCATCCTAGCAATAATCCCCATCCTCCATATATCCAAACAACA
AAGCATAATATTTCGCCCACTAAGCCAATCACTTTATTGACTCCTAGCCGCAGACCTCCTCATTC
TAACCTGAATCGGAGGACAACCAGTAAGCTACCCTTTTACCATCATTGGACAAGTAGCATCCGTA
CTATACTTCACAACAATCCTAATCCTAATACCAACTATCTCCCTAATTGAAAACAAAATACTCAAA
TGGGCCT
7. z. B. Homo – Pan troglodytes 355/25 von
380 AS; 1011/131 von 1142 Nukleotiden.
8. Stammbäume auf AS- und DNA-Ebene:
(vgl.
http://extras.springer.com/2011/978-3-8274-2785-4/15_genetische-Analysen,
unter Graphiken Abb. 15.38 über Windows Fotoanzeige öffnen und dann kopierbar.
E-Mail:
Walter.Wagner ät uni-bayreuth.de
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