Ziel: |
Wenn man Formeln schon einmal im Computer gezeichnet hat, möchte man sie sich vielleicht auch räumlich anschauen. Unschön ist es allerdings, alles nochmals mit einem 3D-Editor zu zeichnen. Glücklicherweise bieten einige Softwarepakete, die eigentlich darauf abzielen Strukturformeln zu zeichnen, die Möglichkeit erstelltes Material in 3D-Formaten wie PDB oder MOL auszugeben. Sehr unterschiedlich ist dabei allerdings die Qualität der resultierenden Ergebnisse. Die meisten Programme berechnen die 3D-Struktur über Molecular-Mechanics- Verfahren kurz MM2. Das geht auf Personalcomputern sehr Schnell, und bietet hinreichend gute Ergebnisse um Moleküle räumlich zu betrachten. Teurere Software bietet oft eine große Auswahl an Berechnungsverfahren, die bessere Ergebnisse liefern aber auch sehr viel Rechenzeit kosten (ein Pentium-PC ist für solche Berechnungen schon mal 30 Minuten beschäftigt!) und beim Benutzer umfangreiches Vorwissen erfordern. Um diese Methode der 3D-Molekülerstellung auszuprobieren, eignet sich das ChemSketch Paket von ACD, welches kostenlos im Internet bezogen werden kann, und bis auf eine Werbe-Einblendung beim Programmstart uneingeschränkt zu nutzen ist.
| Anspruch: | |
| Zeitbedarf: | |
| Vorwissen: | |
| Verwendete Programme: |
|
Die 2D 3D-Konvertierung soll hier am Beispiel des 1-Amino-Adamantan durchgeführt werden, da sich diese Struktur nur schwer als Strichformel zeichnen lässt.
Nachdem das Molekül gezeichnet, und die 3D-Konvertierung durchgeführt wurde, sind die Wasserstoffatome der übersicht wegen entfernt worden.
Hat man ein Molekül einmal erstellt, kann es als MOL oder PDB-Datei gespeichert werden, und liefert somit Ergebnisse, wie sie am Anfang dieser Seite zu sehen sind. PDB-Dateien lassen sich übrigens in vielen anderen Programmen importieren, und eignen sich daher zum Austausch von Formeln und zur Darstellung im Internet.
Zu dem Programm ChemSketch gehört auch ein 3D-Viewer, der in der Lage ist, die räumlichen Strukturen in verschiedenen Darstellungsarten zu zeigen. Dazu gehören: Drahtmodell, Stäbchenmodell, Kugel-Stäbchen-Modell und Kalottenmodell. Der Viewer kann per Knopfdruck ein in ChemSketch gezeichnetes Molekül darstellen. Ebenso ist es möglich Moleküle im MOL-Format zu importieren. Eine Export-Funktion z.B. zu PDB-Dateien gibt es leider nicht. Negativ fällt auch auf, dass Moleküle mit stereochemischen Zentren manchmal beim Export in den Viewer invertiert werden. Wie immer bei der Arbeit mit Computern muss man aufpassen, ob die erhaltenen Ergebnisse auch richtig sind.