Verwendete Software

Im Rahmen dieser Zulassungsarbeit wurden mehrere Arten von Programmen auf ihre Tauglichkeit im Alltag hin untersucht. Obwohl eine korrekte Einteilung schwer fällt, habe ich versucht die Programme grob in Kategorien zu ordnen:

2D-Malprogramme - Formeleditoren

	Chemwin 5.1	Kommerzieller Formel-Editor, mit der Möglichkeit, die gezeichnete 2D-Struktur kleinerer Moleküle nach dem MM2-Berechnungsverfahren in 3D-Strukturen umzuwandeln.
	ACD-Labs ChemSketch 4.0 Kostenlos	Freeware-Programm zum Erstellen und Bearbeiten von chemischen Formeln mit vielen Funktionen. Wie bei Chemwin hat man hier die Möglichkeit, 2D-Formeln in 3D-Formeln zu konvertieren. Sinnvoll ist hier auch eine Funktion um 3D-Strichformeln in verschiedenen Ansichten in Texte zu übernehmen.
	ISIS Draw 2.2.1 [NEU] Kostenlos	Formel-Editor mit einigen sehr schönen Funktionen zum Erstellen von Reaktionsgleichungen. Enthält sehr viele vorgefertigte Moleküle, bietet aber keine direkte 3D-Visualisierung. Dazu lässt sich aber der 3D-Viewer von ACD in ISIS-Draw als externe Komponente einbinden.

3D-Programme

	SymApps	3D-Editor, der zum Lieferumfang des Chemwin 5.1 Paketes gehört. Mit diesem Programm kann man die erzeugten 3D-Formeln anschauen, drehen, vermessen und abspeichern.
	ACD-Labs 3D-Viewer Kostenlos	3D-Editor, mit dem man die in ChemSketch 3.60 erzeugten Formeln drehen, betrachten und vermessen kann.
	WebLab Viewer Lite Kostenlos ^{Empfehlenswert} Kann sehr viele Molekülformate importieren und exportieren und eignet sich daher gut zum konvertieren.	Der WebLab Viewer kann sehr viele verschiedene Formate importieren und exportieren. Besonders gut ist hier die VRML- Exportmöglichkeit gelungen. Dabei gehen nicht, wie bei vielen anderen Programmen, die diese Funktion anbieten, die Doppel- und Dreifachbindungen verloren, sondern werden korrekt angezeigt. Außerdem kann man mit dem WebLab Viewer relativ einfach virtuelle Moleküloberflächen erstellen und z.B. nach dem elektrostatischen Potential einfärben. Neben dieser kostenlos erhältlichen "Lite-Version" gibt es auch eine Pro-Version, die kommerziell erhältlich ist. Im WebLab Viewer Pro kann man Moleküle direkt im 3D-Modus zeichnen, verändern und mit Hilfe von MM-Methoden eine Strukturoptimierung durchführen. Diese Pro-Version steht auf der Seite des Herstellers als 30 Tage Testversion zur Verfügung.
	PC Spartan Pro	PC Spartan Pro ist eine kommerzielle Software, die Molecular Modeling auf den Windows PC oder Macintosh Rechner bringt. Mit diesem Programm kann man 3D-Moleküle erstellen, betrachten und verschiedenste Berechnungen anstellen. Sehr gelungen sind die grafischen Ausgaben. Es lassen sich Potentialflächen berechnen und HOMOs und LUMOs darstellen. Außerdem bringt das Programm verschiedenste Berechnungsmöglichkeiten mit, angefangen bei Molecular Mechanics über semi-empirische Verfahren und Hartree-Fock.
	WinMopac	Probe-Version eines sehr bekannten Berechnungsprogramms. Winmopac bietet gegenüber MOPAC eine grafische Eingabe über Windows, sowie eine grafische Ausgabe der berechneten Ergebnisse. Diese Version ist zeitlich begrenzt und kann nur Moleküle mit maximal 8 Atomen berechnen.

Spezielle Chemieprogramme

	ChemSymphony Lite Kostenlos [NEU]	Software zum Erzeugen von JAVA-Applets, die chemische Formeln dreidimensional in HTML-Seiten anzeigen können. Der Vorteil: Chemische 3D-Strukturen können mit JAVA-fähigen Browsern angezeigt werden, ohne Plugins installieren zu müssen.
WebMol	Webmol JAVA pdb Viewer Kostenlos [NEU]	Ebenfalls eine Software, die online JAVA-Applets von eigenen Dateien anfertigt. Dieser Service überzeugt durch seine große Auswahl an Darstellungs- und Vermessungsmöglichkeiten von Bio-Molekülen.
	Rasmol 2.6 Kostenlos	Struktur-Betrachter zum Anschauen verschiedener Chemie-Dateiformate. Man hat ähnliche Visualisierungsmöglichkeiten wie bei dem Browser-Plugin Chime, jedoch lässt sich Rasmol als eigenständiges Windowsprogramm starten. Dieses Programm gibt es auch noch in einer erweiterten Version unter dem Namen "Rasmol UCF". Hier können Vermessungen von Atomabständen oder Bindungswinkeln durchgeführt werden.
	MOLDA 6.4 Kostenlos	Ein sehr gutes Programm, welches viele Funktionen bietet. Man hat die Möglichkeit, verschiedenste Dateiformate zu importieren, zu betrachten, zu vermessen und zu speichern. Besonders erwähnenswert ist die Möglichkeit, Protein Database Files (pdb), in unterschiedlichen Orientierungen abzuspeichern. Andere Programme exportieren Moleküle immer in der gleichen räumlichen Ausrichtung. Ein weiteres Merkmal ist der VRML-Export von chemischen Formeln.
	Chime 2.0.3 [NEU] Kostenlos Dieses Plugin empfehle ich zum betrachten der Formeln, die in diese Internetseiten eingebettet sind.	Ähnlich wie RASMOL, kann Chime verschiedene 3D Chemie-Formate anzeigen. Allerdings arbeitet Chime nicht als eigenständiges Programm, sondern als Plugin für Web-Browser. Die Version 2.0.3 unterstützt auch den Microsoft Internet Explorer 5.
	PDB2POV 1.23 Kostenlos Beispiele	Dieses Kommandozeilenprogramm eignet sich zur Erstellung von POVRAY-Dateien aus PDB-Dateien. Mit diesen POVRAY-Dateien lassen sich dann sehr schöne Bilder von Molekülen berechnen.
	Babel V 1.6 Kostenlos Alternative Download-Adresse	Babel ist ein sehr nützliches Werkzeug, um die verschiedensten Chemie-Dateiformate untereinender zu konvertieren. Auf diese Weise kann man Moleküle, die mit einem Programm erstellt wurden, auch mit anderen Programmpaketen weiterverwenden. Das Programm ist als Kommandozeilen-Programm ausgeführt und wird in der MS-DOS Eingabeaufforderung mit BABEL -m aufgerufen. (Der Zusatz "-m" bewirkt, dass Babel ein Menü der verfügbaren Dateiformate auflistet.)
	Babel Win Kostenlos	Dieses kleine Programm ist ein Zusatz zu Babel V 1.6. Es stellt eine benutzerfreundliche Eingabemaske unter Windows zur Verfügung. Achtung! Das Programm beinhaltet nicht das Babel DOS-Programm. Es muss noch separat installiert sein.

Nicht-Chemiespezifische Programme

cosmo.GIF (588 Byte)

Cosmo Player 2.1
Kostenlos

Dieses Plugin empfehle ich zum Betrachten der VRML-Szenen, die in diese Internetseiten eingebettet sind.

VRML-Betrachter, der sowohl mit Netscape 4.X, als auch mit dem Microsoft Internet Explorer zusammenarbeitet. Dieses VRML-Plugin hat sich wohl nahezu als Standard durchgesetzt. Die virtual reality modeling languauge ist im Unterschied zu den anderen Formaten kein Chemie spezifisches Dateiformat. Vielmehr kommt es im Internet bei einer Vielzahl von Aufgaben zum Einsatz, bei denen dreidimensionale Objekte oder Welten erkundet werden sollen. Da Moleküle ebenfalls 3-D Objekte sind, haben auch die Chemiker diese Technik für sich entdeckt.

povray.gif (293 Byte)

Povray 3.1g
Kostenlos

Beispiele

Povray dient zum Erstellen von fotorealistischen Bildern aus dreidimensionalen Objektdaten. Als dreidimensionale Objekte eignen sich natürlich auch Moleküle. Nun kann man Moleküldateien nicht direkt in Povray verwenden, sondern benutzt ein kleines Programm, pdb2pov genannt, um Moleküle im PDB-Format für die Verwendung mit Povray umzuwandeln.

staroff51.gif (536 Byte)

StarOffice 5.1 [NEU]
Wird neuerdings von der Firma SUN angeboten!

Kostenlos für Privatpersonen
im Internet erhältlich.

In dem StarOffice Paket ist ein Präsentationsprogramm enthalten, welches ab der Version 5.1 neben den bekannten Funktionen von Präsentationsprogrammen auch das Einbinden von Plugins in Präsentationen erlaubt. So kann man Formeln über das Chime- oder VRML-Plugin in einer laufenden Präsentation zeigen, drehen, und unterschiedlich darstellen. Nebenbei bekommt man auch noch eine Textverarbeitung, Tabellenkalkulation, Datenbank und Grafiksoftware.